История храма святых равноапостольных Кирилла и Мефодия берёт своё начало в 1994 году, когда настоятель Спасо-Преображенского собора протоиерей Александр Пивоваров († 2006 год) договорился с руководством Кузнецкого металлургического комбината о передаче Русской православной Церкви помещения на первом этаже жилого дома, расположенного по адресу Энтузиастов, 19. Несколько десятилетий здесь размещался детский сад, но в начале девяностых он был закрыт из-за тяжёлой экономической ситуации на предприятии и падения рождаемости в городе. Так промыслительно определилось место для православного храма – первого в Центральном районе Новокузнецка. Подаренные щедрыми спонсорами просторные помещения предназначались, прежде всего, для духовного училища, в котором остро нуждалась Русская православная Церковь, активно восстанавливавшаяся в Кузбассе. В свою очередь училищу для богослужебной подготовки будущих пастырей был необходим домовой храм.
Обустройство помещений училища началось в октябре 1994 года, тогда же начались работы по изготовлению иконостаса: резчиком трудился Владимир Шубёнкин, иконописцем – Леонид Ключников. Им потребовалось около полугода для создания красивого и соответствующего всем православным канонам церковного убранства; производилась также перестройка помещений, в чём активно помогали учащиеся – будущие священники. Общими стараниями домовой храм был воздвигнут, и освящён ко Дню святых равноапостольных просветителей словенских Кирилла и Мефодия отцом Александром Пивоваровым. Прихода при церкви пока не было, богослужения посещали только учащиеся и преподаватели Новокузнецкого православного духовного училища.
Первым настоятелем храма святых равноапостольных Кирилла и Мефодия был назначен протоиерей Георгий Пивоваров. Отец Георгий уделял первоочередное внимание духовному образованию: он создал воскресную школу, в которой учились дети православных верующих. Учащиеся разделялись на три возрастные группы: младшую, среднюю и старшую, они изучали закон Божий, церковное пение и изобразительное искусство. Ученики воскресной школы принимали активное участие в церковной жизни: присутствовали на божественной Литургии, пели на клиросе, совершали миссионерские поездки по деревням и посёлкам Новокузнецкого района. Сам отец Георгий Пивоваров многократно проводил уроки Основ православной культуры в различных школах города.
В 1998 году настоятелем храма стал иерей Андрей Шабанов (ныне – игумен Георгий). При нём храм обогатился святынями: были получены в дар или приобретены мощи преподобного Иова Почаевского и мощи всех оптинских старцев, икона с мощами дивеевских монахинь. При воскресной школе была создана театральная студия, разыгрывались целые спектакли, в которых принимали участие преподаватели (они же и писали сценарии православных пьес) и учащиеся. Каждый год организовывались паломнические поездки по святым местам России.
В 2002 году Новокузнецкое православное духовное училище переехало в новое здание по адресу Зыряновская, 97 (сейчас – Новокузнецкая духовная православная семинария), и храм оказался закрыт, а богослужения прекратились до начала 2004 года, когда настоятелем стал протоиерей Владимир Пивоваров. Каждое воскресенье в храме служилась литургия, а вечером проводились встречи прихожан, где все желающие могли посетить библейские чтения, посвящённые изучению Священного Писания, участвовать в просмотре фильмов, посвящённых актуальным проблемам нравственности и веры. Также отцом Владимиром был организован выпуск брошюр на основе текстов епископа Милеанта, посвящённых азам православия. Владыка Милеант был замечательным проповедником, его работы доходчиво рассказывают читателям об основах вероучения и богослужения. Брошюры прихожане раздавали своим знакомым и соседям, проводя посильную и очень плодотворную миссионерскую работу.
Весной 2006 года о. Владимир Пивоваров был переведён для службы в Спасо-Преображенского собор, а храм Кирилла и Мефодия стал окормлять иерей Антоний Коновалов, в то время настоятель церкви святой Ольги (посёлок Калачёво). Служение отца Антония продолжалось до октября 2006 года, когда приходом стал руководить протоиерей Игорь Кропочев.
В это время приход обрёл самостоятельность (с момента своего создания он был приписан к Спасо-Преображенскому собору). Отец Игорь активно занимался миссионерской деятельностью, и именно это направление работы стало доминирующим. Были организованы Богословско-катехизаторские курсы, первый набор составил около 70 слушателей. Занятия тогда проходили в учебной комнате при храме преподобного Сергия Радонежского (ещё не было своего помещения для БКК). Другим значимым миссионерским проектом стало сотрудничество с Кузбасской педагогической академией, с которой был заключён договор, позволявший вести религиозное преподавание в аудиториях вуза; храм, освящённый в честь великих просветителей, стал «академическим». Появилась библиотека с очень солидным фондом духовной литературы. Наконец, началась реконструкция храма.
В 2008 году в Кемеровской и Новокузнецкой епархии было создано миссионерское благочиние, и храм святых равноапостольных Кирилла и Мефодия вошёл в него одним из первых. Настоятелем стал протоиерей Алексей Гуркин. Возросший объём работы требовал постоянного участия второго приходского священника, им стал иерей Никита Черцов, а затем протоиерей Павел Баженевских. Отец Павел также принимает активное участие в работе БКК, читает лекции и проводит семинары, несколько лет руководил отрядом юных православных следопытов – ещё одного миссионерского проекта прихода.
Последний этап истории храма святых равноапостольных Кирилла и Мефодия начинается в 2009 году с назначения настоятелем церкви иерея Игоря Морозова. Прежде всего, он значительно расширил работу Богословско-катехизаторских курсов, на которых обучение проходили более двухсот человек. Православное сестричество во имя святой равноапостольной Марии Магдалины посвящено делам милосердия; сёстры несут своё послушание в 1-ой и 29-ой больницах Новокузнецка, где ухаживают за инвалидами, одинокими или обездвиженными пациентами, беседуют с больными о вере в Бога, дарят им православную литературу и иконы. В январе 2010 года начал свою работу православный молодёжный центр «Синаксис», его активисты совершают миссионерские поездки, активно участвуют в подготовке и организации крестных ходов и других православных общественных мероприятий. Действует православный дискуссионный клуб, на котором изучается Новый Завет и обсуждаются различные религиозные темы.
Сейчас храм святых равноапостольных Кирилла и Мефодия переживает период своего обновления – завершаются работы по перепланировке и отделке его помещений, и скоро его площадь увеличится практически вдвое.